[hatinka]

Поставить капкан и начать ловить бобров. Как то негуманно.

Вы молодец! Не меняйте своего мнения, убивать животинок это действительно негуманно. А капканами еще и незаконно.
По человечески, очень Вам сочувствую. Что труд потерян, что мешают они очень итп. Но и несколько Вам завидую. У нас тоже все изрезано мелиоративными каналами, но к сожалению, ни боров, ни выдр уже и в помине нет. Хотелось бы рядом видеть милых выдрочек или бобров. Немного вдали от участка, конечно))) Но у нас остались одни норы старые, а охотхозяйство и местные браконьеры выбили все живое. У меня душа болит за наши леса, которые практически безжизненные...

Заставить бобров переселиться, думаю, реально, но процесс не быстрый и не простой.
Заборы или обмотки деревьев-решение временное. Роют бобры прекрасно, забор подкопать-не вопрос.

Крупные деревья уцелели

Ну, рубероид помогает. Но это же уродливо и норы, плотины не убирает...
Думаю, Вам стоит посоветоваться с зоологами или сотрудниками, которые работают в заповедниках или заказниках соответствующего региона, где проживает бобер массово. Например, поискать кого-то http://www.dniprodesna.org.ua/ или http://www.nppds.inf.ua/ Многие разбираются, на самом деле на Полесье(но не советуйтесь с кем либо из охотхозяйств, там не все проблемы с животными один ответ-убить) Конечно, попробуй еще и найди там человека, который возьмется помочь. Но стоит пробовать.

Канал. Имеет ли течение, работает ли участок мелиоративной системы или уже нет? Как далеко водоем, питающий канал? Пересыхает ли канал летом?
Как много деревьев и высоких кустарников осталось в радиусе до 100м?
Есть ли поблизости к Вам, но в дали от жилых домов подобный участок, но с деревьями и, возможно, развилками каналов?
Есть ли возможность вырубить все деревья(включая хвойные) возле места обитания бобров? Может, там уже мало осталось. Не будет деревьев или кустов-сами переселятся. Конечно, если рядом лес-не вариант. Но если канал, а в нем ива, осина и пару берез, то норм. Вырубить не большая проблема. Если в добавок к этому будет постоянно(!) бегать большая собачка, а лучше пару собачек-тоже норм. Сразу они бобров не выдворят, но бобрам собачки, особенно, большие, ох как не по душе.
Возможно, Вам придется пожертвовать одним сезоном, это если деревьев вокруг не много и Вы их вырубите.
Кроме того, погрызенные деревья это одно. Как бы бобры не начали активно ваять свою плотину и , если канал имеет хоть какое течение, то могут Вам устроить "рисовое поле" и подтопить участок. Это хуже, чем сгрызть пару деревьев.
Начинайте активные меры уже с следующего сезона, лучше летом(да и уровень воды летом уменьшить легче всего)чтоб они, в случае Вашей удачи, смогли переселится и обстроиться на новом месте. Дети у них рождаются к аперелю-маю. Лучше их не трогать весной, чтоб детки не погибли. Запасов они не делают в это время. Строиться на новых местах начинают с августа. Осенью гуманно "переселить" нереально.

А если изменить глубину-ширину канала?

Глубину уменьшить-поможет. А как Вы это сделаете? Если Вы сможете сделать так, что уровень воды очень сильно упадет и будет стабильно низким с лета, то они сами уйдут. Если нет течения, поможет. Если течение есть, то они справятся и с этим, скорее всего. Плотины строить они умеют хорошо.