Для яблони 54-118 и 62-396-это хорошие подвои. Сила роста будет зависеть не только от подвоя, но и от сорта (есть сорта сильно-, средне-, и слаборослые), можно подобрать сорта с умеренной силой роста, тогда деревья не будут большими.
По косточковым, пусть лучше Черешенка ответит или другие форумчане, у которых опыт с косточковыми больше, чем мой
...