Если очень хочется оставить эту яблоню, то чисть всё, даже глубокие дупла цементируются прекрасно. Все, что растет внутрь кроны - вырезать, все волчки, которые можно отогнуть наружу - гни.
ЗЫ. Если все-таки дупло глубокое, я б не мучилась, а посадила бы новую, на карликовом подвое вкусного для меня сорта, а там уже и привить можно на разные ветки разные черенки.ИМХО.
Почистить везде! Отрезать...Схему... попробую.

Обведенную кружком ветку я бы попробовала отогнуть. ИМХО.
По прививкам я не советчик.