Согласна с Сергеем, что это может быть вершинной гнилью, но несогласна с тем,что возникла она от удаления листвы и пасынков. Причиной этой болезни может быть неправильный полив, когда чередуются периоды сильной засухи и обильного полива или недостаток в почве кальция. Оперативное радикальное средство при первых признаках заболевания вершинной гнилью - внекорневая подкормка зольной вытяжкой или опрыскивание раствором кальцинированной соды (10-20 г на 10 л воды). Также при дефиците кальция рекомендуется опрыскивание растения кальциевой селитрой (1 ст. ложка на 10 л воды) или 0,3-процентным раствором хлористого кальция.Есть много сортов помидор, устойчивых к нему.Например:Аран, Ляна, Экологический, Грот, Снежана, Чудо-банан, гибриды F1 - Семко 98, Киржач, Евпатор, Ерофеич, Марфа, Тентер, Фараон, Фаталист.
http://web.vrn.ru/grav/garden/sovet/gnil_pomidor.html
Средства борьбы с этой гнилью: чередование культур. Возвращать томаты на прежнее место можно только через 3—4 года. Перед высевом семена замачивают в 0,5 %-ном растворе марганцовокислого калия (5 г на 1л воды) или в 0,2 %-ном растворе медного купороса (2 г на 1 л воды) в течение суток. Регулярные поливы, правильное соотношение применяемых удобрений, опрыскивание растений хлористым кальцием (30—40 г на 1-0 л воды). Не проводите подкормку растений без полива. Вышеперечисленные способы помогут избавиться от вершинной гнили. Удачи!