Коричневі серединки, якщо супроводжуються зовнішнім пригніченням при огляді гілок і листя- швидше за все свідчить, що кущ чимось страждає, наприклад проблема в корінню. В таких випадках гілки я б вирізав до здорового, оскільки вони вже швидше за все не відновлять всі свої сили. Але якщо зовнішньо ніяка проблема не помітна- я все ж би не спішив вирізати ці гілки.
Звісно, добре би подивитися фотографії. Будь-що підказувати, орієнтуючись тільки по (повному?) описанні- складно.
На моїх кущах інколи всихають гілки, я їх просто вирізаю пилкою або секатором, і особливо цим не переживаю. Інструменти не дезенфікував. Продезенфікував би тільки після бактеріального раку, але там були б характерні нарости (тільки не вишукуйте їх сильно

)
Секатор після кожного разу обробляти спиртом

На моїх кущах Caramella стабільно кожної весни гілки всі в темних плямах, зовнішньо виглядають підсушеними. Я обрізаю їх для потрібної мені форми кущів, секатор звісно не дезенфікую, і опісля вони завжди добре цвітуть. На сусідні кущі це ніяк не передається. Щось подібне буває на Pat Austin, ці кущі ростуть дальше від Caramella, проте теж цвітуть добре. В моєму випадку- це особливість саме цих сортів у моїх умовах.
Дорогі розоводи, відносіться до троянд простіше. Вони надто сильні.
ІМХО.