Лена, а какие сомнения могут быть?
Мне кажется растение само разберется со временем. Если ему не нужен будет подвой, он отомрет, но к этому моменту своя корневая должна быть хорошо развита.
Разве мы как-то можем вмешаться в этот процесс? Ведь вы случайно при выкопке такое увидели у одной розы, а у многих наверно тоже самое.